Clin Chem：循环游离DNA下一代测序NGS在评估转移性乳腺癌突变与基因扩增中的应用
2017-03-06 luowenbo MedSci原创
乳腺癌组织具有高度异型性，表现为大量体细胞突变和体细胞拷贝数改变（CDAs）。该研究用一种新型靶向下一代测序盘（NGS）对游离DNA（cfDNA）进行测序，检测转移性乳腺癌（MBC）女性患者的体细胞突变与基因扩增。
循环游离DNA下一代测序(NGS)在评估转移性乳腺癌突变与基因扩增中的应用
乳腺癌组织具有高度异型性，表现为大量体细胞突变和体细胞拷贝数改变（CDAs）。该研究用一种新型靶向下一代测序盘（NGS）对游离DNA（cfDNA）进行测序，检测转移性乳腺癌（MBC）女性患者的体细胞突变与基因扩增。
用一个含有158个扩增子包含16个基因热点突变和拷贝数目改变的自定义面板，从42名确证的未治疗的转移性乳腺癌患者与9名健康对照组中提取游离DNA（cfDNA）样本，每一个cfDNA样本都与配对淋巴细胞DNA通过NGS进行比较，用液滴数字PCR对比较结果进行进一步验证。
健康对照组中的cfDNA样本没有发现存在突变，然而，1/2转移性乳腺癌患者的cfDNA样本中13个基因里检测到至少一个基因存在突变和扩增（突变数均值为2，范围为1-6）.纵向随访研究发现，cfDNA中基因突变与扩增的动态变化比肿瘤抗原C15-3更能动态展现治疗过程中产生的克隆性或亚克隆性反应。值得注意的是，发生进展性血液疾病的7名cfDNA中存在ERB-B2受体络氨酸酶2（ERBB2）基因扩增的患者中，其中3名患者的内皮生长因子受体2在最初疾病诊断时表现为阴性，这说明治疗过程中突变克隆演进成更具有侵袭性的显型。最后，6名患者的cfDNA样本中找到雌激素受体1（ESR1）突变，该突变意味着其对内分泌疗法产生耐药性抵抗。综上，42名患者中，其中9名（21%）在治疗过程中，其cfDNA发生了改变。
cfDNA的靶向性下一代测序技术（NGS）有望通过检测基因突变或基因扩增的变化，监测靶向治疗效果，分析进展性肿瘤的异质性，对进展性肿瘤的靶向治疗进行分层。
原始出处：
Karen Page， David S. Guttery，et al. Next Generation Sequencing of Circulating Cell-Free DNA for Evaluating Mutations and Gene Amplification in Metastatic Breast Cancer. Clin Chem.2017V63N2：532-541.
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