非小细胞肺癌融合基因检测问题答疑

基因融合是非小细胞肺癌中一类重要的分子变异。近十余年来，针对融合基因的靶向治疗进展迅速，为特定融合基因阳性患者带来显著临床获益。然而，基因融合形成机制多样，检测方法众多，不同方法各有优缺点，在临床分子检测中相对复杂。本文从融合基因检测的临床意义、适用人群、常见融合基因的共性和特性、常用检测方法优缺点和检测策略优化等多个角度出发，基于《非小细胞肺癌融合基因检测临床实践中国专家共识（2023版）》和《基于RNA-based NGS检测非小细胞肺癌融合基因临床实践中国专家共识》，对部分问题进行了汇总答疑。

1.什么是融合基因？

融合基因是指两个不同基因的部分或全部序列相连形成的新的混合基因，其编码产生的融合蛋白能够介导肿瘤的发生发展。在非小细胞肺癌（NSCLC）中，基因融合作为一类重要的分子变异，是靶向治疗的理想靶点，因此，精准检测 NSCLC中的基因融合以筛选可从相应靶向治疗中获益的患者至关重要。

2.基于靶向药物的可及性，融合基因分为哪两类？分别有哪些？

基于靶向药物的可及性，本共识将融合基因分为必检基因与扩展基因两类。必检基因包括间变性淋巴瘤激酶（ALK）、c‑ros原癌基因1（ROS1）、转染重排原癌基（RET）和神经营养因子受体酪氨酸激酶（NTRK）；扩展基因主要包括神经调节蛋白（NRG）、成纤维细胞生长因子受体（FGFR）、间质表皮转化因子（MET）、表皮生长因子受体（EGFR）、人类表皮生长因子受体2（HER2）和鼠类肉瘤滤过性毒菌致癌同源体B1（BRAF）等（表1）。各融合基因在NSCLC中的发生频率差异较大（0.05%-8.00%）。

3.融合基因检测的适用人群、临床意义有哪些?

适用人群：推荐病理学诊断为肺腺癌（包括含腺癌成分）的晚期初治NSCLC患者及靶向药物治疗后耐药的NSCLC患者进行融合基因检测（强烈推荐）；建议经活检组织病理学诊断为非腺癌的晚期NSCLC患者及术后明确为浸润性腺癌的II-III期NSCLC患者进行融合基因检测（推荐）。

临床意义：融合基因阳性NSCLC患者占所有NSCLC患者的 8%-12%。目前已有多种针对不同基因融合的酪氨酸激酶抑制剂（TKI）获批用于临床治疗（表1），融合基因阳性的晚期NSCLC患者可从相应靶向治疗中显著获益。另外，多项研究显示，受体酪氨酸激酶融合是NSCLC患者接受特定靶向药物治疗后获得性耐药的机制之一。因此推荐初治和靶向药物经治后耐药的晚期NSCLC患者进行融合基因检测，从而为此类患者治疗策略的制定提供依据。此外，研究显示，在可手术切除的NSCLC患者中，与融合基因阴性患者相比，ALK等融合基因阳性患者的术后无复发生存时间较短，提示此类患者更应进行密切随访和术后积极辅助治疗。

4.推荐首选什么标本进行融合基因检测，在什么情况下可以用液体活检标本？

《非小细胞肺癌融合基因检测临床实践中国专家共识（2023版）》中指出：推荐首选肿瘤组织学标本进行融合基因检测，无法获取足够肿瘤组织学标本时，可选择细胞学标本。在检测融合基因前，由专业的病理医师对组织或细胞学标本进行肿瘤细胞含量评估（强烈推荐）；无法获取足够肿瘤组织学或细胞学标本时，建议选择液体活检作为补充检测手段（推荐）。但是需要注意的是，从液体活检样本中提取DNA进行融合基因检测是可行的，但在液体样本中进行RNA层面的肿瘤融合基因检测不推荐。《基于RNA-based NGS检测非小细胞肺癌融合基因临床实践中国专家共识》中提到：其他样本类型，如血液、脑脊液等在一些情况下被应用于ctDNA液体活检，但目前尚不推荐从液体活检样本中提取RNA进行肿瘤融合基因检测。

5.融合基因检测常用的方法有哪些？

目前常用的融合基因检测方法包括荧光原位杂交（FISH）、免疫组织化学（IHC）、即时荧光定量聚合酶链反应（qRT‑PCR）和二代测序等。

6.RNA二代测序有哪几种建库方式可以在RNA水平检测融合转录本？

RNA二代测序可以通过多重PCR扩增、锚定多重PCR或杂交捕获建库在RNA水平检测融合转录本。与DNA二代测序需要对外显子和内含子区均进行探针捕获相比，RNA测序仅需要针对外显子区设计引物或探针，相对简单、经济，不受DNA层面复杂融合的影响，且RNA二代测序能直接真实地反映转录水平融合的表达情况及融合伴侣基因类型。

7.根据5′和3′端基因断点在基因组的位置不同，基因融合可分为哪几种类型？

基因融合主要通过染色体结构重排形成，常见的染色体重排发生机制包括倒置、易位、插入、缺失、串联重复、染色体碎裂等，从而在DNA层面形成基因融合。根据5′和3′端基因断点在基因组的位置不同，基因融合可分为基因内融合、基因间融合和混合性融合。

8.对于DNA水平检测驱动基因为阴性的NSCLC患者，共识建议在哪些分子水平上进一步检测基因融合，尤其是哪些人群？

DNA水平检测驱动基因为阴性的NSCLC患者建议在RNA或蛋白水平进一步检测基因融合，尤其是年轻、女性、不吸烟、TMB低的黏液/实性肺腺癌患者（推荐）。

9.晚期初治非小细胞肺癌融合基因检测临床推荐路径是怎样的？

对于可获取组织学或细胞学标本且标本可满足检测需求（包括肿瘤细胞比例和数量合适）的晚期初治NSCLC患者，根据实验室条件，推荐首选DNA二代测序同时检测包括ALK、ROS1、RET、NTRK等在内的多种融合基因，对于检出的外显子断点融合、基因间融合、罕见融合伴侣或驱动基因检测为阴性的，建议通过RNA二代测序验证。如果考虑检测周期的时限性，且检测标本充足时，qRT‑PCR多基因联检可作为首选检测方法。鉴于IHC检测ALK融合的优点，可同时进行ALK Ventana‑D5F3 IHC检测。如果二代测序不可及、肿瘤细胞数量较少或标本质控无法满足二代测序要求时，可依据实验室平台的适用性、成本和/或组织标本量，选择qRT‑PCR检测；如果检测结果为阴性或判读模糊，应使用FISH、IHC或考虑使用二代测序方法进行验证。对于无法获取组织学或细胞学标本或标本中肿瘤细胞比例低的患者，可尝试通过液体活检（血液、浆膜腔积液、脑脊液等）进行二代测序检测，但如果未检测到基因融合及其他驱动基因变异，仍需要进行肿瘤组织检测，以排除假阴性结果的可能。

10.靶向治疗耐药后再次活检的患者建议采用什么方法学进行检测？

靶向治疗耐药后再次活检的患者建议使用二代测序同时检测多种基因变异（推荐）。鉴于不同的受体酪氨酸激酶融合（包括RET、ROS1、ALK、FGFR、NTRK融合）可能是接受特定靶向药物（如EGFR TKI）的NSCLC患者在治疗后发生获得性耐药的重要机制之一，并且融合变异类型多样，因此对于发生靶向治疗耐药后需要检测潜在耐药机制的患者，建议使用高通量方法（如二代测序）检测包括融合基因在内的基因变异。

为满足临床需求，绘真医学于近日推出肺癌21基因融合RNA变异检测项目。该项目采用NGS测序+杂交捕获建库技术，通过加强探针设计及优化捕获策略，结合核心的生信算法及严谨的性能验证，有效提升融合检出率及可靠性。与扩增子建库法相比，杂交捕获建库能够同时检出已知融合和未知融合，检出率更高。

21基因RNA panel覆盖了ALK、ROS1、RET、NTRK1/2/3、MET等21个靶向治疗相关基因的全部编码区（CDS）及部分非编码区（UTR），实现对200+种已知融合和未知融合的全面检出。《基于RNA-based NGS检测非小细胞肺癌融合基因临床实践中国专家共识》推荐组织（新鲜组织或石蜡包埋组织）或细胞学样本（胸腹水样本），送检RNA-seq检测，尚不推荐血液、脑脊液等样本送检。建议尽量使用保存年限较短（3年以内）的石蜡组织样本进行检测。

表1 绘真医学肺癌21基因融合RNA检测项目简介

注：手术组织至少10张白片，穿刺组织至少15张白片。

表2 肺癌21基因融合RNA检测基因列表及可能获益的靶向药物

参考文献：

[1]中国抗癌协会肿瘤病理专业委员会,中华医学会肿瘤学分会肺癌专家委员会,国家病理质控中心. 非小细胞肺癌融合基因检测临床实践中国专家共识（2023版）[J]. 中华病理学杂志,2023,52(6):565-573. DOI:10.3760/cma.j.cn112151-20221111-00946.

[2]中国初级卫生保健基金会肿瘤精准诊疗专业委员会,中国抗癌协会肿瘤精准治疗专业委员会,中国抗癌协会肿瘤病理专委会肺癌学组,等. 基于RNA-based NGS检测非小细胞肺癌融合基因临床实践中国专家共识[J]. 中国肺癌杂志,2023,26(11):801-812. DOI:10.3779/j.issn.1009-3419.2023.102.43.